Unter Kolmation wird allgemeinhin die „Verstopfung“ von kiesigen Gewässersohlen mit teilweise weitreichenden negativen ökologischen Auswirkungen verstanden, welche durch Fließgewässerbewertungen nach geltenden Rechtsnormen nicht erfasst werden, aber im Verdacht stehen wesentlich zum Nicht-Erreichen der Zielvorgaben gemäß EG-Wasserrahmenrichtlinie beizutragen.

Es besteht ein wissenschaftlicher Konsens, dass die Kolmation zu bedeutenden (nachteiligen) Auswirkungen im hyporheischen Interstitial führt. Beispiele sind limitierte Austauschprozesse zwischen Grund- und Oberflächenwasser sowie die Beeinträchtigung des interstitialen Lebensraums von aquatischen Organismen. Der Faktor „Mensch“ trägt durch intensive Landwirtschaft und dem damit verbundenen erhöhten und nicht-natürlichen Feinsedimenteintrag, erheblich zur Kolmationsbildung bei. Das bisherige Fehlen von quantifizierbaren Messgrößen für die Kolmation sowie von einheitlichen Messmethoden zur Erfassung der Kolmation in Kombination mit fehlenden Rechtsnormen definiert die aktuelle Problemstellung und Herausforderungen für die Forschung auf diesem Gebiet.